L’origen del Museu Darder d’Història Natural el trobem en la donació que el doctor Francesc Darder va fer a Banyoles de la seva col·lecció particular. Una col·lecció formada per material procedent de la botiga que tenia a Barcelona, el “Museo Darder”, on venia animals dissecats i material divers d’història natural.
Francesc Darder i Llimona (1851-1918) veterinari i taxidermista, va ser el primer director del Parc Zoològic de Barcelona, on probablement obtenia part dels animals exòtics que dissecava. Va editar diverses revistes d’història natural (“El Naturalista”, “El Zookeryx” ) i llibres sobre la cria i les varietats d’animals de granja.
Degut a l’èxit d’aquesta festa, l'Ajuntament el fa Fill Adoptiu de la Ciutat, a la que posteriorment fa donació de la seva col·lecció de Ciències Naturals per crear un museu-biblioteca que s’inaugura el 22 d’octubre de 1916.
Des de la seva inauguració, el Museu Darder d'Història Natural de Banyoles s’instal·la en la plaça dels Estudis núm. 2, on encara roman, en el local on hi havia les escoles i on l’any 1910 s’havia celebrat l’exposició de Piscicultura.