L'antic Museu Darder d'Història Natural exposava una col·lecció de ciències naturals pròpia de finals del segle XIX que ens ha arribat fins al segle XXI pràcticament intacta i amb molt poques variacions des del seu origen. Això ens permet entendre quina era la visió que es tenia en aquella època de la història natural i el tractament que se li donava.
Els primers anys de funcionament el Museu tenia tres seccions:
Anys '60
Amb el pas dels anys, aquestes seccions gairebé no van canviar,
fins que l’any 1960 es van fer diverses obres i s’inaugura la
nova instal·lació de la planta baixa. Amb aquesta remodelació
el museu passa a tenir de tres a cinc sales:
Tres anys després s’hi afegeix la sala de l’Home i Naturalesa.
Aquesta reforma permet que posteriorment s’exposin al públic
les serps, la col·lecció de minerals del Sr. Margineda i les
restes paleontològiques de Cornellà del Terri i Bòbila
Ordis.
Anys '70 i '80
Durant els anys setanta i vuitanta ja es comença a introduir la
idea de lligar el Museu Darder al fenomen lacustre i al medi
ambient. La Junta del Darder pretenia allunyar-se de la imatge
de museu de rareses i extravagàncies i donar-li un aire més
funcional i dinàmic.
La intenció era de renovar les sales per aconseguir que l’exposició fos més pedagògica i crear una sala de l’Estany on s’expliquessin aspectes relacionats amb la biologia, geologia i ecologia de la comarca, reconvertint el Darder en un Ecomuseu.
També durant els anys vuitanta hi va haver diversos projectes per remodelar i modernitzar el Museu Darder. Quan l’any 1986 s’inaugura la Sala Darder, una de les pretensions era obrir una sala de l’Estany al primer pis i ampliar el museu amb una sala d’exposicions temporals, un magatzem, despatxos, sala d’actes i una biblioteca especialitzada.
El 1989 el projecte era molt més ambiciós ja que es volia unificar el Museu Darder i el Museu Arqueològic en un sol edifici a la Pia Almoina. La col·lecció Darder havia d’ocupar un espai en un edifici de nova construcció, però malauradament cap d’aquests projectes es va portar a terme.
Anys '90
Els darrers anys, fins el seu tancament al desembre de 2002, la
col·lecció del Museu Darder s’havia incrementat
considerablement i l’exposició estava organitzada en sis sales: